从前，美国的一个小镇上有一个孩子叫汤姆索亚。他活泼可爱，厌恶上主日学校，总希望有一天能够自由自在地玩耍。
一个晚上，汤姆和小镇上的“野孩子”哈克贝利一起溜进墓地，却意外地撞见了杀人不眨眼的印江乔埃杀害鲁滨孙医生并嫁祸给莫夫波特的现场。两个孩子非常害怕，发誓永远不把这件事说出去，但良心总会受到折磨。终于，汤姆在法庭上指出了凶手，印江乔埃破窗而逃，不见踪迹。
阴差阳错，在和哈克一起寻宝时，汤姆又撞见了印江，看着他和同伙竟在废弃的老屋里找到了真正的宝藏并带到了自己的巢穴。为了逃避这件事，顺带实现海盗梦，汤姆和死党乔埃哈波、哈克一起离家出走到了一个荒岛上，让人们误以为他们死了而举办了葬礼。在葬礼当天，他们又风光地回到了镇上，过了一把瘾。
这时，汤姆的心上人贝奇萨契尔准备举办一场派对，汤姆欢天喜地地跟去了。他们去探险山洞，汤姆和贝奇东窜西窜最后与众人走散了。由于兴奋，没人注意到他俩的缺席。同时，正在监视印江乔埃的哈克发现印江有了动作，急忙跟上，发现他准备与同伙一道折磨道格拉斯寡妇，立即敲开一户人家的门让他们速去救援，然后借宿在了那里。道格拉斯寡妇得救了，但印江和同伙却逃走了。哈克因为受了刺激，高烧不退。同时，山洞里的贝奇和汤姆就快不行了。汤姆抱着最后的希望去探路，居然看到了一丝烛光。汤姆以为人们终于找到了他们，但那人竟是印江乔埃。他看见汤姆，转身就跑。汤姆又惊又怕，勉强稳定情绪后稍作休息，继续前进，终于发现了出口。他带着贝奇向刚巧路过的船只说明情况，回到了家。
贝奇的父亲萨契尔法官在汤姆恢复精力后告诉他，山洞的大门已经被锁牢牢锁住，他脸色煞白，告知萨契尔法官他在洞里看见了印江。打开山洞，发现印江被饿死了。他的同伴也淹死在了河里。
汤姆断定他们的巢穴就在山洞中，与哈克一起偷偷前往，终于找到了强盗的宝藏。