第三卷“勒皮他、巴尔尼巴比、拉格奈格、格勒大锥、日本游记”
在家呆了一段时间，格列佛又随“好望号“出海。这一次，格列佛所乘的船遭海盗船劫持，格列佛侥幸逃脱，被一座叫“勒皮他”的飞岛救起。这些人的相貌异常，衣饰古怪，整天沉思默想。国王和贵族都住在飞岛上，老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上。格列佛离开飞岛后，来到巴尔尼巴比进行访问，并参观了岛上的“拉格多科学院”。这所科学院研究的都是些荒诞不经的课题，结果造成全国遍地荒凉，房屋坍塌，人民无衣无食。
接着，格列佛来到巫人岛。岛上的总督精通魔法，能随意召唤任何鬼魂，格列佛因此会见了古代的许多名人，结果发现史书上的记载很多不符合史实，甚至是非颠倒。而后，格列佛又游览了拉格耐格王国，见到一种长生不老人“斯特鲁布鲁格”。离开该国后，格列佛来到日本，然后乘船回到英国。